自从小时候母亲去世以来，就封锁了心灵的真。一直守护在他身旁的，青梅竹马琴莉。高中三年级的现在，就在终于准备跨出一步的两人面前，来自另一个日本的，另一个“我”突然出现——。

2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”——在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。这一计划的名称是“Niantic计划”。其目的是研究干涉人类精神的未知物质。被称为“奇异物质（XM）”的这种物质，自古以来就感应着人们…